2009年中國乒乓球公開賽繼續進行，男子單打結束第二輪爭奪，六位中國選手都正常發揮擊敗各自對手晉級，其中陳紀以4比0橫掃日本小將松平健太，馬琳則在1比3落後的情況下連扳三局逆轉淘汰德國的鮑姆。
頭號種子馬龍延續良好狀態，在與新加坡選手楊子的交鋒中，他以11比4、11比7、11比5、11比9直落四局擊敗對手，第三輪他將出戰韓國的尹在榮。張繼科對陣韓國的李向秀，張繼科開場後就牢牢控制比賽，他以4比0橫掃對手，四局比分是11比7、11比5、11比5、11比8。
陳紀和松平健太的比賽是本輪的一場焦點戰，松平健太在橫濱世乒賽上曾給馬琳制造莫大麻煩。開場後松平健太失誤較多，陳紀積極搶攻，他以11比3、11比4連勝兩局。第三局雙方爭奪激烈，比分始終緊緊咬住，關鍵時刻陳紀利用豐富的經驗壓制對手，他以11比9拿下第三局。兩位球員在第四局多次戰平，10平、11平後陳紀連得兩分，13比11，他再勝一局以4比0淘汰松平健太。第三輪中，陳紀和張繼科同室操戈。韓國的朱世赫和吳尚垠在第二輪也都順利擊敗各自對手晉級，朱世赫第三輪將迎戰中國香港的江天一，而吳尚垠和日本的水谷隼交手。
王勵勤的對手是韓國的趙彥來，前兩局王勵勤以11比5、11比8連勝，雙方第三局多次戰平，10平後趙彥來連得兩分以12比10扳回一局。之後的比賽王勵勤重新掌控大局，他以11比6、11比5又連勝兩局，他以4比1擊敗對手過關。第三輪，王勵勤迎戰奧地利的哈貝索恩，他淘汰了隊友陳衛星。
許昕迎戰日本的岸川聖也，首局許昕以11比4輕松拿下，第二局他失誤增多，岸川聖也抓住機會以11比8扳回一局。接下來的兩局里許昕打得積極主動，他以兩個11比8連勝兩局以3比1領先，雖然岸川聖也在第五局以11比5扳回一城，但許昕在第六局一路領先以11比5獲勝，他以4比2戰勝對手。
馬琳對陣德國的鮑姆，開場後馬琳進入狀態較慢，鮑姆以12比10、11比9連勝兩局。第三局馬琳用發球控制對手，他以11比4扳回一城。雙方第四局幾次戰平，10平、11平後鮑姆連得兩分以13比11拿下，他以3比1領先。無路可退反而激發了馬琳的斗志，他用回球的落點變化控制對手，他在接下來的比賽中完全控制大局，他以11比5、11比4、11比3連勝三局，他以4比3逆轉鮑姆晉級。第三輪馬琳將和許昕對陣。
同樣身處下半區的三位中國香港選手李靜、張鈺和唐鵬都順利擊敗各自對手晉級，張鈺和唐鵬第三輪同室操戈，李靜將迎戰波蘭的科索斯基。
